iSALE - 計算サーバへの申請 Diff
- Added parts are displayed like this.
- Deleted parts are displayed
like this.
== 計算サーバへの申請
国立天文台 天文シミュレーションプロジェクトの ((<計算サーバ|URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/mseries>)) への申請は随時受け付けています
申請の詳細は ((< 計算サーバ募集要項および利用申請書 |URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/content/%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E5%8B%9F%E9%9B%86%E8%A6%81%E9%A0%85%E3%81%8A%E3%82%88%E3%81%B3%E5%88%A9%E7%94%A8%E7%94%B3%E8%AB%8B%E6%9B%B8>)) を御覧ください
新規に申請を行う場合に必要な情報は下記の２３点です
* 研究目的
* 例: iSALEを用いた研究を簡単に記載して下さい
* 研究計画
* 例: どのようにiSALEを用いて研究を進めるかを記載して下さい
* 計算で使用するメモリ量や時間の概算値は、例えば今回の講習会で計算したものであれば以下でわかります
*iSALEを用いますか？の質問
*「はい/Yes」を選択する。採択時にはiSALE関係のzipファイルが配布される
qstat -x -f [JOB ID]
以下はdemo2Dを実行した際の例です
200MB程度のメモリを使用し [((*resourece_used.mem*))] 、3分かかったこと [((*resources_used.cput*))] がわかります
[wakitasg(50264)@m000:~/mwork2/isale2017an/iSALE-Dellen]$qsub isale.pbs
131840.m000.cfca.nao.ac.jp
[wakitasg(50296)@m000:~/mwork2/isale2017an/iSALE-Dellen]$qstat -f -x 131840 (最初の方だけ切り取り)
Job Id: 131840.m000.cfca.nao.ac.jp
Job_Name = test
Job_Owner = wakitasg@m000
resources_used.cpupercent = 56
resources_used.cput = 00:03:08
resources_used.mem = 209196kb
また、iSALEのアカウントを保有していない方は、計算サーバへの申請と合わせて
iSALEの ((<Terms of use |URL:http://www.isale-code.de/redmine/projects/isale/wiki/Terms_of_use >)) の必要事項を英文にて記入の上、ご自身の署名を入れたPDFを((<日本国内 iSALE管理委員会宛 |Member list>))にお送り下さい
{{attach_anchor_string('Terms of UseのテンプレートPDF',iSALETermsofUse.pdf)}}
なお、このPDF書類は日本国内のiSALE管理委員会が確認した後に、((<iSALE core developers|URL:http://www.isale-code.de/redmine/projects/isale/wiki/Disclaimer >)) に送られますことをを念頭において記入して頂けますようお願い致します
国内iSALE管理委員会より内容に関する問い合わせがある可能性についても、予めご了承下さい
== 計算サーバの使い方
詳細は ((<計算サーバ利用手引き |URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/content/%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%BC%95%E3%81%8D >)) にあります
利用方法を守って使用して下さい。特にm000でのiSALE2Dの実行は禁止です。必ず ((*qsub*)) コマンドを使用して下さい。
以下ではdemo2Dの実行に使用したファイル isale.pbs を解説します。重要な行には ((*[IMPORTANT]*)) を付けています。
((*[IMPORTANT]*)) 1~3行目はお決まりの行です（2行目はリスタート可能、3行目はログの書き出しON）。
1 #! /bin/sh
2 #PBS -r y
3 #PBS -j oe
((*[IMPORTANT]*)) 5行目がジョブを投入するキュー名です。長時間のジョブとなりそうな場合には、short[30分]をmid[240時間]やlong[無制限]に変更して下さい。
4 # Name of queue
5 #PBS -q short
((*[IMPORTANT]*)) 7行目は出力されるログのファイル名です。
6 # Log name of this job
7 #PBS -o log
((*[IMPORTANT]*)) 9行目はジョブの名前です。特に多数投入する場合には、自分で分かりやすいようにつけて下さい。
8 # Name of this job
9 #PBS -N test
12行目に自分のメールアドレスを記入し、12行目と13行目の最初の # を削除すれば、ジョブが中止された場合と終了した場合にメールが届くようになります。ジョブの開始時にもメールが届くようにしたい場合には、 ((*ae*)) を ((*abe*)) に変更して下さい。
10 # Please write your e-mail address # Name of this job
11 # and remove first "#" for sending mail when this job finished
12 ##PBS -M YOU@MAIL
13 ##PBS -m ae
14
((*[IMPORTANT]*)) 16行目でqsubが投入されたディレクトリに移動します。
15 # Go to this job's working directory
16 cd $PBS_O_WORKDIR
17
((*[IMPORTANT]*)) 19行目でiSALE2Dを実行します。asteroid.inp や material.inp は必要に応じて、修正して下さい。time は無くても構いません
18 # Run your executable
19 time ./iSALE2D -i asteroid.inp -M material.inp
20
21-24行目は無くても構いません
21 echo "/*** -------------------------------------------------------- ***/"
22 echo "iSALE2D ends / Plotting figures starts" `date`
23 echo "/*** -------------------------------------------------------- ***/"
24
((*[IMPORTANT]*)) 26, 27行目は、pySALEPlotを実行する前にpythonを呼ぶためのコマンドです。pySALEPLot を実行する場合には必ず記載して下さい。
25 # DO NOT delete following two lines before running pySALEPlot
26 source /usr/share/Modules/init/sh
27 module load anaconda/2 intel/14.0
((*[IMPORTANT]*)) 29行目で plot.py を実行します。time は無くても構いません。
28 # Run pySALEPlot
29 time python plot.py
国立天文台 天文シミュレーションプロジェクトの ((<計算サーバ|URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/mseries>)) への申請は随時受け付けています
申請の詳細は ((< 計算サーバ募集要項および利用申請書 |URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/content/%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E5%8B%9F%E9%9B%86%E8%A6%81%E9%A0%85%E3%81%8A%E3%82%88%E3%81%B3%E5%88%A9%E7%94%A8%E7%94%B3%E8%AB%8B%E6%9B%B8>)) を御覧ください
新規に申請を行う場合に必要な情報は下記の
* 研究目的
* 例: iSALEを用いた研究を簡単に記載して下さい
* 研究計画
* 例: どのようにiSALEを用いて研究を進めるかを記載して下さい
* 計算で使用するメモリ量や時間の概算値は、例えば今回の講習会で計算したものであれば以下でわかります
*iSALEを用いますか？の質問
*「はい/Yes」を選択する。採択時にはiSALE関係のzipファイルが配布される
qstat -x -f [JOB ID]
以下はdemo2Dを実行した際の例です
200MB程度のメモリを使用し [((*resourece_used.mem*))] 、3分かかったこと [((*resources_used.cput*))] がわかります
[wakitasg(50264)@m000:~/mwork2/isale2017an/iSALE-Dellen]$qsub isale.pbs
131840.m000.cfca.nao.ac.jp
[wakitasg(50296)@m000:~/mwork2/isale2017an/iSALE-Dellen]$qstat -f -x 131840 (最初の方だけ切り取り)
Job Id: 131840.m000.cfca.nao.ac.jp
Job_Name = test
Job_Owner = wakitasg@m000
resources_used.cpupercent = 56
resources_used.cput = 00:03:08
resources_used.mem = 209196kb
また、iSALEのアカウントを保有していない方は、計算サーバへの申請と合わせて
iSALEの ((<Terms of use |URL:http://www.isale-code.de/redmine/projects/isale/wiki/Terms_of_use >)) の必要事項を英文にて記入の上、ご自身の署名を入れたPDFを((<日本国内 iSALE管理委員会宛 |Member list>))にお送り下さい
{{attach_anchor_string('Terms of UseのテンプレートPDF',iSALETermsofUse.pdf)}}
なお、このPDF書類は日本国内のiSALE管理委員会が確認した後に、((<iSALE core developers|URL:http://www.isale-code.de/redmine/projects/isale/wiki/Disclaimer >)) に送られますことをを念頭において記入して頂けますようお願い致します
国内iSALE管理委員会より内容に関する問い合わせがある可能性についても、予めご了承下さい
== 計算サーバの使い方
詳細は ((<計算サーバ利用手引き |URL:http://www.cfca.nao.ac.jp/content/%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%BC%95%E3%81%8D >)) にあります
利用方法を守って使用して下さい。特にm000でのiSALE2Dの実行は禁止です。必ず ((*qsub*)) コマンドを使用して下さい。
以下ではdemo2Dの実行に使用したファイル isale.pbs を解説します。重要な行には ((*[IMPORTANT]*)) を付けています。
((*[IMPORTANT]*)) 1~3行目はお決まりの行です（2行目はリスタート可能、3行目はログの書き出しON）。
1 #! /bin/sh
2 #PBS -r y
3 #PBS -j oe
((*[IMPORTANT]*)) 5行目がジョブを投入するキュー名です。長時間のジョブとなりそうな場合には、short[30分]をmid[240時間]やlong[無制限]に変更して下さい。
4 # Name of queue
5 #PBS -q short
((*[IMPORTANT]*)) 7行目は出力されるログのファイル名です。
6 # Log name of this job
7 #PBS -o log
((*[IMPORTANT]*)) 9行目はジョブの名前です。特に多数投入する場合には、自分で分かりやすいようにつけて下さい。
8 # Name of this job
9 #PBS -N test
12行目に自分のメールアドレスを記入し、12行目と13行目の最初の # を削除すれば、ジョブが中止された場合と終了した場合にメールが届くようになります。ジョブの開始時にもメールが届くようにしたい場合には、 ((*ae*)) を ((*abe*)) に変更して下さい。
10 # Please write your e-mail address # Name of this job
11 # and remove first "#" for sending mail when this job finished
12 ##PBS -M YOU@MAIL
13 ##PBS -m ae
14
((*[IMPORTANT]*)) 16行目でqsubが投入されたディレクトリに移動します。
15 # Go to this job's working directory
16 cd $PBS_O_WORKDIR
17
((*[IMPORTANT]*)) 19行目でiSALE2Dを実行します。asteroid.inp や material.inp は必要に応じて、修正して下さい。time は無くても構いません
18 # Run your executable
19 time ./iSALE2D -i asteroid.inp -M material.inp
20
21-24行目は無くても構いません
21 echo "/*** -------------------------------------------------------- ***/"
22 echo "iSALE2D ends / Plotting figures starts" `date`
23 echo "/*** -------------------------------------------------------- ***/"
24
((*[IMPORTANT]*)) 26, 27行目は、pySALEPlotを実行する前にpythonを呼ぶためのコマンドです。pySALEPLot を実行する場合には必ず記載して下さい。
25 # DO NOT delete following two lines before running pySALEPlot
26 source /usr/share/Modules/init/sh
27 module load anaconda/2 intel/14.0
((*[IMPORTANT]*)) 29行目で plot.py を実行します。time は無くても構いません。
28 # Run pySALEPlot
29 time python plot.py