iSALE - Windows上のUbuntuへのインストールレポート Diff

このドキュメントはwindows等のOS上で仮想マシン環境（Ubuntu）を作成し，iSALEコードを導入した結果の報告である．

==仮想マシン環境の作成（Ubuntuの導入）
==== 必要なもの
* VirtualBox : ((<こちら|URL:http://www.virtualbox.org/wiki/Downloads>))からインストール
* Ubuntu : ((<こちら|URL:http://www.ubuntu.com/download/desktop>))からダウンロード（注　バージョンは12.04LTS(64bit)を選択することが望ましい．）
==== VirtualBoxを起動し，仮想マシン環境を作成する
* 詳細は((<こちら|URL:http://zakkiweb.net/ubuntu/1204/0.shtml>))を参照
* OSタイプの設定は「タイプ：Linux」「バージョン：Ubuntu (64bit)」と指定する．
* 仮想マシンに割り当てるメインメモリ(RAM)のサイズは((*少なくとも2GB以上に設定することが望ましい．*))
無事にUbuntuを立ち上げたら画面左上にあるホームボタンで「端末」を検索，コマンド入力画面を表示させてインストール作業に移行．（下図参照）

{{attach_view(virtualbox_gamen.png)}}

== iSALEインストール＆可視化

===事前準備（パッケージのインストール）
==== iSALEの計算に必要なパッケージ
* build-essential
* subversion
* gfortran
* g++
上記パッケージのインストール
    sudo apt-get install build-essential subversion gfortran g++

====可視化(iSALEPlot, VIMoD)に必要なパッケージ
* libpng-dev
* freeglut3-dev
* qt3-dev-tools
* pglot5
上記パッケージのインストール
    sudo apt-get install libpng-dev freeglut3-dev qt3-dev-tools pglot5pgplot5

==== 最新版iSALEは次のパッケージも事前に必要
* python-numpy
* python-scipy
* python-matplotlib
* gnuplot
* libopenmpi-dev （iSALE3Dを並列計算する際に必要なパッケージ．2D計算は必要なし）
* openmpi-bin （iSALE3Dを並列計算する際に必要なパッケージ．2D計算は必要なし）
上記パッケージのインストール
    sudo apt-get install python-numpy python-scipy phthon-matplotlib gnuplot

=== iSALEのインストール
==== SVNでソースを取り寄せる
    svn co --username ユーザー名 svn://earth.naturkundemuseum-berlin.de/iSALE/tags/chicxulub ./iSALE-Chicxulub
* 現在のディレクトリに「iSALE-Chicxlub」という名のフォルダができる．
* 「ユーザー名」に自身のアカウント名を入力（SVNアカウントとローカルアカウント（=今設定しているアカウント）が同一の場合は必要なし）
* パスワードを求められるので，配布されたものを入力．
* 別名のフォルダを作成したい場合は 「./iSALE-Chicxulub」の代わりに「カレントディレクトリ/フォルダ名」を入力．
※以下，「iSALE-Chicxulub」のフォルダ名で作業を進める．（オリジナルの場合は適宜変更する）

==== iSALE-Chicxulub内に移動
    cd iSALE-Chicxulub

==== コンフィグする
    ./configure --prefix=/home/joh/iSALE-Chicxulub/install --with-isaleplot --with-vimod
* 赤字部はインストールしたいディレクトリ先を指定．（この場合は/home/joh/iSALE-Chicxulub/installに指定）
* --with-isaleplot, --with-vimodはそれぞれiSALEPlot, VIMoDを使用するためのオプション．

==== コンパイルして，インストールする
    make
    make install
※コンフィグを変えた場合は次のように make clean を先に打ち込む．
    make clean
    make
    make install

=== demo2Dを走らせる（デモンストレーション）
==== demo2Dのディレクトリに移動
    cd install/share/examples/demo2D
==== iSALE2Dを走らせる
    ./iSALE2D
==== 結果のあるディレクトリに移動
    cd demo2D
※計算結果は jdata.datに格納されている．（バイナリなので，読めない．）

== 計算結果の可視化
==== iSALEPlot を使って描画する場合
    ../iSALEPlot -f ../iSALEPlot.inp -m jdata.dat
* DamPre というディレクトリができて，中に.pngファイルが作成される．
==== ViMoDを使って描画する場合
    ../vimod jdata.dat
* 新しいウィンドウが開いて，その中で操作する．（下図参照）
* 最初に使うときは，名前，メールアドレス，出力ファイルのディレクトリへのパス（自分で作成）の入力を求められるので，適宜入力する．
{{attach_view(vimod_test.png)}}